NGSでのデータ取得を徹底サポート！前処理実験オススメ書籍＆NGS関連ツール・サービスの案内
NGS(次世代シークエンサー)はライフサイエンス分野での必需品となっています。現在、多くのシーケンサーが各社から発売されており、解析目的やサンプルの種類等によって様々な選択ができる様になっています。
比較的身近な解析となった現在においても、NGSでのデータ取得には様々なハードルがあります。NGSを使用してデータを取得する前の「前実験(前処理)」からデータ取得後の解析まで、多くのサービス・ツールが存在しております。
本ページでは、NGSを使用した実験において、実験計画のバイブルとなる「実験医学別冊 誰でも再現できるNGS「前」サンプル調製プロトコール」のご紹介および関連する様々なサービス・ツールをご紹介致します。
書籍紹介「実験医学別冊 誰でも再現できるNGS「前」サンプル調製プロトコール 生物種別DNA、RNA、クロマチン、シングルセル調製の極意」
書籍オススメポイント
NGSでデータを得るためには、サンプル調製がカギとなります。
今回ご紹介する本書では、NGS解析の全体像から、実験前に検討が必要なこと、生物種ごとの具体的なサンプル調製プロトコールを記載しております。対象も細菌から昆虫、マウス、植物等、それぞれDNAなのか？RNAなのか？はたまたシングルセルなのか？等で学べます。ラボに常備しておきたいバイブル書となります。
サマリー抜粋
次世代シークエンサー(next generation sequencer:NGS)は現代の生命科学においてなくてはならないツールになっている。しかし、分子実験から情報解析まで多岐にわたる知識と技能が必要とされるため、未経験の参入には大きな障壁があることも事実である。はじめてNGSを使ってみて期待した結果が得られなかった読者も多いのではないだろうか？そういった場合の多くは不適切な実験デザインに起因することが多い。本項では、経験者とのコラボレーションにより、実りあるNGSライフを送るためのポイントを紹介する。
引用：『実験医学別冊 誰でも再現できるNGS「前」サンプル調製プロトコール 生物種別DNA、RNA、クロマチン、シングルセル調製の極意 』サマリーより
https://www.yodosha.co.jp/yodobook/book/9784758122726/49.html
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NGSを用いた実験の各工程では様々なハードルが存在します。
・データは取れたけど論文掲載のため解析をどうしたらよいか分からない。
・解析ツールを便利に使いこなしたい。
・データベースを活用をして幅ひろい解析を行いたい。
・ターゲットに応じた効率的にデータを取得したい。
上記のようなお悩み・希望に向けておすすめのサービス・ツールを厳選致しました。
cBioinformatics株式会社
「公共データベースを用いたバイオマーカー探索および創薬支援」
cBioinformaticsの公共データベース解析サービスは、大量のオンラインデータを活用し、短期間で低コストな研究を支援します。in silicoスクリーニング技術で、バイオマーカー発見や創薬研究を迅速に推進します
アメリエフ
「WET＆DRY バイオインフォマティクス・データ受託解析」
基礎から最先端までバイオインフォマティクス技術を駆使して、研究をトータルで支援します。
論文作成を見据え、NGSシーケンスからデータ解析・作図までワンストップで実施、報告会にて結果説明とディスカッションが可能な受託解析サービスを提供しております。
経験豊富なデータ解析専門家による研究目的・成果にフォーカスした報告が、数多くのお客様よりご支持いただいております。是非、アメリエフの受託解析ノウハウが詰まった、報告会の様子を動画でご体験ください。
株式会社ASTRIDE
「Basepair – クラウドNGSデータ解析プラットフォーム」
astqなどからGUIで行えるNGS解析プラットフォームです。
fastqなど生データから、マウスでの簡単な操作で作成でき、パラメーターの調整も可能です。生成されたグラフやテーブルはPNG、SVG、CSVなどでダウンロードできます。
・セットアップ不要：PCや各種ソフトウェアのセットアップは不要です。
・コーディング不要：GUIを採用。マウスでほとんどの操作ができます。
・シンプルな料金体系：データタイプごとサンプル数に応じた従量制。
対応アプリケーション
RNA-Seq｜WGS/WES | ChIP-Seq | CUT&RUN | CUT&TAG | シングルセルRNA-Seq
Twist Bioscience
「効率的な次世代ターゲットシーケンス」
Twist Bioscienceが提供するターゲットシーケンスは、高品質な二本鎖DNAプローブにより優れた均一性と、費用対効果の高い解析を可能にします。
遺伝性・希少疾患、がん、免疫学、神経学、感染症など様々な分野で利用されています。
NGSでのデータ取得を味方に！まとめ
NGS解析は現在のライフサイエンス研究になくてはならない手法になります。
サイサチではこの他にNGS関連機器、受託サービス、キャンペーンなどの情報を提供しています。
是非そちらもご確認ください！
その他NGS関連受託サービス
NGSの各工程、取得後のデータ解析等で利用できる受託サービスは豊富にございます。ご自身の実験の中でリソースが避けない部分、プロに相談をしたい部分等でご活用できます。
その他NGS関連製品
各社の次世代シークエンサー他、前処理で必要な機器、関連ツール等を掲載しています。
NGS関連キャンペーン
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